| Verzija | Modul |
|---|---|
| 0.14.1 | bioinfo/Salmon/0.14 |
| 1.9.0 | bioinfo/Salmon/1.9.0 |
Korištenje
Primjer je preuzet s : ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-28/fasta/arabidopsis_thaliana/cdna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.28.cdna.all.fa.gz -o athal.fa.gz
Indeksiranje
#!/bin/bash #$ -N Salmon-index_test #$ -cwd #$ -pe *mpisingle 12 module load bioinfo/Salmon/1.9.0 salmon index -t athal.fa.gz -i athal_index --threads $NSLOTS
Napomena
Alociranje 8-12 threadova za Salmon postiže najviše brzine za izračune. Odabir threadova više od 12 će rezultirati da ti threadovi budu zauzeti i neiskorišteni.
Instalacija
- Korišten je prevodioc gcc/9
Instalacija
wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/archive/refs/tags/v1.9.0.tar.gz tar -xvf v1.9.0.tar.gz cd salmon-1.9.0 mkdir build module load gcc/9 cmake3 CMakeLists.txt -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/mhrzenja/Salmon/salmon-1.9.0/build -DBOOST_ROOT=/apps/boost/1.80/ -DNO_IPO=TRUE make make install