Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.2 | bioinfo/bwa-mem2 |
Primjer skripte za opis poslova:
- primjer je napravljen prema uputama sa stranice (bwa-mem2)
human_g1k_v37.fasta je preuzet
indeksiranje.sge
#!/bin/bash #$ -N bwa-mem2_indeksiranje #$ -cwd #$ -pe p28-mpisingle 2 #$ -l memory=35 module load bioinfo/bwa-mem2/2.2 bwa-mem2 index human_g1k_v37.fasta
- Primjeri su preuzeti uz pomoć sra-tools
bwa-mem2.sge
#!/bin/bash #$ -N bwa-mem2 #$ -cwd #$ -pe *mpisingle 16 module load bioinfo/bwa-mem2/2.2 bwa-mem2 mem -t $NSLOTS human_g1k_v37.fasta human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d3_align.sam
Upotreba u slučaju velikih podataka
Pri indeksiranju potrebne su velike količine RAM-a stoga se preporuča po izračunu 28GB * N(N je veličina datoteke koja se indeksira). Koristi se -l memory=(količina memorije). Zbog velike količine radne memorije poslovi indeksiranja se šalju isključivo na p20 ili 28.