Opis
Programski paket Dalton sastoji se od dvije aplikacije; Dalton i LSDalton.
Dalton je znanstvena aplikacija koja se koristi za izvođenje kvantno-kemijskih računa, odnosno za računanje molekulskih svojstava i struktura, prije svega malih molekula. Aplikacija LSDalton je posebno usmjerena na proračune sustava velikih molekulskih sustava.
Dalton je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodijeljenom memorijom te se, prilikom izvođenja na Supeku, može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
Dalton
Verzija | Modul | Prevodilac | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
2020.1 | scientific/dalton/2020.1-gnu | GNU | CPU | MPI |
LSDalton
Verzija | Modul | Prevodilac | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
2020.0 | scientific/lsdalton/2020.0-gnu | GNU | CPU | MPI |
Službena dokumentacija
Primjeri
Napomene
Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Crayev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.
Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je sve MPI procese smjestiti na isti čvor.
Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack
.
Paralelno izvođenje
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 16 MPI procesa, na 16 CPU jezgara.
#PBS -q cpu #PBS -l select=16:mem=1300mb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load "scientific/dalton/2020.1-gnu" export DALTON_TMPDIR=${TMPDIR} export DALTON_LAUNCHER="mpiexec" export JOB="input" dalton -mb 16000 -nobackup ${JOB} ${JOB} ${JOB}
Aplikacija Dalton može maksimalno koristiti 16000 MB radne memorije, zadano kao argument opcije -mb
.
Kako bi izbjegli prekide poslova, u zaglavlju zatražite nešto više memorije nego što će aplikacija koristiti, zbog mogućnosti povremenih prekoračenja.
U primjeru je zatraženo ukupno 16 chunk × 1300 MB/chunk = 20800 MB.