You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 13 Next »

Opis

ORCA je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koji nudi širok raspon metoda i može se smatrati besplatnom alternativom za komercijalni GAUSSIAN.

ORCA je zatvorenog koda i dolazi s Open MPI implementacijom MPI-ja.

Verzije

verzijamodulpodrškaparalelizacija
5.0.3scientific/orca/5.0.3CPUMPI *
5.0.4scientific/orca/5.0.4CPUMPI *

Napomena *

ORCA dolazi u obliku prekompajliranih izvršnih datoteka koje se povezuju na Open MPI knjižnice verzije 4.1.1.

Službena dokumentacija

Primjeri

Zbog nemogućnosti Open MPI-ja da iskoristi puni potencijal Slingshot mreže, preporučljivo je aplikaciju zadržati unutar granica jednog čvora, koristeći:

#PBS -l place=pack

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 16 MPI procesa.

Postavke ORCA simulacije, koje uključuju i broj procesorskih jezgri te radne memorije, definiraju se u ulaznoj ORCA .inp datoteci.

Budući da aplikacija ne komunicira direktno s PBS sustavom, važno je osigurati da količina resursa u toj datoteci odgovara količini zatraženih resursa u zaglavlju PBS skripte kako ne bi došlo do diskrepancije.

Broj procesorskih jezgri u ulaznu datoteku možete unijeti ručno.

Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će modificirati vašu ulaznu datoteku (pod pretpostavkom da u istu već niste unijeli %PAL liniju za paralelno izvođenje).

Bash skripta
#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l select=16
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/orca/5.0.4

# Prilagodi input datoteku za paralelno izvodjenje
sed -i "2i %PAL NPROCS $(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) END" hydrolysis.inp

# Poziv aplikacije
${ORCA_ROOT}/orca hydrolysis.inp

# Resetiraj input datoteku
sed -i "2d" hydrolysis.inp

Primjer ORCA input skripte (bez %PAL linije za paralelno izvođenje).

!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS
%NEB
 NEB_END_XYZFILE "products.xyz"
 PREOPT_ENDS TRUE
END
* XYZfile 0 1 reactants.xyz
  • No labels