Opis

Amber je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula.

Amber se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.

Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP, kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune. 

Verzije

Službena dokumentacija

• https://ambermd.org/doc12/Amber22.pdf
• https://ambermd.org/tutorials/

Primjeri