Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

VerzijaModul
2.9.0bioinfo/NCBI-BLAST++/2.9.0
2.10.0bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0


Dostupne verzije BLAST DB:

VerzijaModul
v4bioinfo/BLASTDB/v4
v5

bioinfo/BLASTDB/v5

ntbioinfo/BLASTDB/nt

Primjer korištenja


Code Block
languagebash
titleprogram.sge
module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0
blastp -help

Prilikom učitavanja modula aplikacije, BLAST Databases v5 nalazi se na putanji /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB/v5 te DB v5 putanja se pridružuje varijabli "BLASTDB" prilikom učitavanja modulaokruženja BLASTDB  pomoću koje se onda može referencirati na istu. Ukoliko se želi koristiti BlastDB v4 učitajte module BLASTDBv4 "module load bioinfo/BLASTDB/v4".
U ovisnosti o BLAST DB v4, učitava se posebno module BLASTDBv4.

Tip
titlePreporuka

U ovisnosti o složenosti problema i načinu pokretanja, aplikacija može koristi značajne količine radne memorije te se preporučuje korištenje parametra "#$ -l exclusive=1"


Testni primjer aplikacije.

Code Block
languagebash
titleblast.sge
#!/bin/bash
#$ -N blast
#$ -cwd
#$ -pe *mpimpisingle 8
#$ -l exclusive=1

module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0
blastp -db $BLASTDB/nr -query seq.fasta -num_threads $NSLOTS -out seq.out


Code Block
qsub blast.sge

...

Instalacija

Prevođenje - verzija 2.10.0:

Code Block
module load intel/2019

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz
tar -xvf ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz

cd ~/ncbi-blast-2.10.0+-src/c++/compilers/unix
./ICC.sh
cd ../../ReleaseMT/build
make all_r -j 4
./install.sh ncbi-blast-bin --srcdir=.

# preuzimanje baze blastdp
cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB
update_blastdb.pl --blastdb_version 4 nr --decompress
cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB/v5
update_blastdb.pl --blastdb_version 5 nr --decompress

...