...
Verzija | Modul |
---|
2.3.8 | bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 |
Primjer korištenja
2.3.12 | bioinfo/OrthoFinder/2.3.12 |
2.5.4 | bioinfo/OrthoFinder/2.5.4 |
Primjer korištenja
Aplikacija OrthoFinder ne radi na pristupnom čvoru zbog dozvola memorije "/dev/shm" ali uredno radi na radnim čvorovima. Prilikom pokretanja poslova potrebno je staviti opciju "-t $NSLOTS" da se ne raširi po čitavom čvorukako bi se aplikacija širila prema zatraženom broju CPU jezgara/slotova.
Code Block |
---|
|
#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -pe mpisingle 8
#$ -cwd
module load bioinfo/OrthoFinder/2.35.84
orthofinder -h |
Testni primjer aplikacije.
Code Block |
---|
language | bash |
---|
title | OrthoFinder.sge |
---|
|
#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -pe mpisingle 8
#$ -cwd
module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8
orthofinder -t $NSLOTS -f /apps/bioinfo/OrthoFinder/2.3.8/ExampleData/ -o $PWD/test -S diamond
|
...
Code Block |
---|
qsub OrthoFinder.sge |
Warning |
---|
|
Nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle jer je aplikacija paralelizirana dijeljenjem memorije (shared memory parallel model) |
Parametri instalacije aplikacije
...
Code Block |
---|
wget https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases/download/2.3.8/OrthoFinder_glibc-2.15.tar.gz
tar -xvf rthoFinderOrthoFinder_glibc-2.15.tar.gz |
Verzija 2.5.4:
Code Block |
---|
source /apps/miniforge3/bin/activate
mamba create -p /apps/virtenv/orthofinder/2.5.4 python=3.8 orthofinder=2.5.4 -c bioconda |