Table of Contents |
---|
Opis
AutoDock Vina je računalno-kemijska aplikacija otvorenog koda, za molekulski docking.
Verzije
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Kompajler | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
1.2.5 | scientific/autodock-vina/1.2.5 | CPU | OpenMP | GNU |
Službena dokumentacija
- https://vina.scripps.edu/
- https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina
- https://autodock-vina.readthedocs.io/en/latest/
Primjeri
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32:mem=32gb
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/autodock-vina/1.2.5"
vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config config.txt --ligand lgnd963.pdbqt
vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config config.txt --ligand lgnd255.pdbqt
vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config config.txt --ligand lgnd965.pdbqt |
Niz (polje) poslova
Tip |
---|
U slučaju rada s velikim brojem sličnih inputa, preporučuje se korištenje nizova (polja) poslova, danih PBS opcijom |
U primjeru niže, pokrenut će se niz od 6 "pod-poslova", svaki na vlastitim procesorskim jezgrama (32 kom.), i uz rezervaciju 32 GiB po "pod-poslu".
Inputi se nalaze u datotekama input_1.txt
, input_2.txt
... input_6.txt
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=32:mem=32gb #PBS -J 1-6:1 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load "scientific/autodock-vina/1.2.5" vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config input_${PBS_ARRAY_INDEX}.txt |