...
- Inchworm sastavlja RNA-seq podatke u jedinstvene sekvence transkripata, često generirajući transkripte pune duljine za dominantnu izoformu, ali zatim izvještava samo o jedinstvenim dijelovima alternativno spojenih transkripata.
- Chrysalis grupira Inchworm contigove u klastere i konstruira kompletne de Bruinove grafove za svaki klaster. Svaki klaster predstavlja punu transkripcionu složenost za određeni gen (ili skupove gena koji dijele zajedničke sekvence). Chrysalis zatim dijeli puni skup za čitanje između ovih disjunktnih grafova.
- Butterfly zatim paralelno obrađuje pojedinačne grafove, prateći staze kojima se čitanja i parovi čitanja odvijaju unutar grafa, u konačnici izvještavajući o transkriptima pune duljine za alternativno spojene izoforme i razdvajajući transkripte koji odgovaraju paralognim genima.
Verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 2.15.1 | scientific/Trinity/2.15.1 |  |  |
Službena dokumentacija
https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki
...