Trinity predstavlja novu metodu za učinkovitu i robusnu de novo rekonstrukciju transkriptoma iz RNA-seq podataka. Trinity kombinira tri nezavisna softverska modula: Inchworm, Chrysalis i Butterfly, koji se primjenjuju sekvencijalno za obradu velikih količina RNA-seq čitanja. Trinity dijeli podatke o sekvencama u mnogo pojedinačnih de Bruijnovih grafova, od kojih svaki predstavlja složenost transkripcije na danom genu ili lokusu, a zatim neovisno obrađuje svaki graf kako bi izdvojio izoforme spajanja pune duljine i razdvojio transkripte izvedene iz paralognih gena. Ukratko, proces funkcionira ovako:
|
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
2.15.1 | scientific/Trinity/2.15.1 | |
https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki
Primjer: https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/tree/master/sample_data/test_Trinity_Assembly
#PBS -N trinity_test_run #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=60:mem=100GB cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/trinity/2.15.1 trinity.sh Trinity --seqType fq --max_memory 100G --left reads2.left.fq.gz --right reads2.right.fq.gz --SS_lib_type RF --CPU $NCPUS |