Versions Compared
compared with
Key
- This line was added.
- This line was removed.
- Formatting was changed.
Opis
Panel | ||
---|---|---|
| ||
TransDecoder identificira područja kandidata za kodiranje unutar sekvenci transkripta, poput onih generiranih de novo sklapanjem transkripta RNA-Seq pomoću Trinityja ili konstruiranih na temelju poravnanja RNA-Seq s genomom pomoću StringTie. TransDecoder se primjenjuje na cijeli transkriptom za jedan organizam koji uključuje tisuće sekvenci transkripta kao ulaz. |
Dostupne verzije
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
5.7.1 | scientific/transdecoder/5.7.1 |
Službena dokumentacija
Primjer
- Primjer: https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/tree/master/sample_data/simple_transcriptome_target
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#PBS -N t-test
#PBS -l select=1:ncpus=2
#PBS -q cpu_30
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/transdecoder/5.7.1
transdecoder.sh TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta |