Opis

TransDecoder identificira područja kandidata za kodiranje unutar sekvenci transkripta, poput onih generiranih de novo sklapanjem transkripta RNA-Seq pomoću Trinityja ili konstruiranih na temelju poravnanja RNA-Seq s genomom pomoću StringTie. TransDecoder se primjenjuje na cijeli transkriptom za jedan organizam koji uključuje tisuće sekvenci transkripta kao ulaz.

 Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
5.7.1scientific/transdecoder/5.7.1(error) (tick) 

Službena dokumentacija

Primjer

#!/bin/bash

#PBS -N t-test
#PBS -q cpu_30

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/transdecoder/5.7.1

transdecoder.sh TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta