Opis
TransDecoder identificira područja kandidata za kodiranje unutar sekvenci transkripta, poput onih generiranih de novo sklapanjem transkripta RNA-Seq pomoću Trinityja ili konstruiranih na temelju poravnanja RNA-Seq s genomom pomoću StringTie. TransDecoder se primjenjuje na cijeli transkriptom za jedan organizam koji uključuje tisuće sekvenci transkripta kao ulaz.
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 5.7.1 | scientific/transdecoder/5.7.1 |  |  |
Službena dokumentacija
Primjer
- Primjer: https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/tree/master/sample_data/simple_transcriptome_target
#!/bin/bash #PBS -N t-test #PBS -q cpu_30 cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/transdecoder/5.7.1 transdecoder.sh TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta