OrthoFinder je brza, precizna i sveobuhvatna platforma za komparativnu genomiku. Pronalazi ortogrupe i ortologe, izvodi zaključke o ukorijenjenim genskim stablima za sve ortogrupe i identificira sve događaje dupliciranja gena u tim genskim stablima. Također izvodi zaključak o ukorijenjenom stablu vrste za vrstu koja se analizira i mapira događaje umnožavanja gena od stabla gena do grana u stablu vrsta. OrthoFinder također pruža opsežne statistike za komparativne genomske analize. OrthoFinder je jednostavan za korištenje i sve što trebate za njegovo pokretanje je skup datoteka sekvenci proteina (jedan po vrsti) u FASTA formatu. | 
