OrthoFinder je brza, precizna i sveobuhvatna platforma za komparativnu genomiku. Pronalazi ortogrupe i ortologe, izvodi zaključke o ukorijenjenim genskim stablima za sve ortogrupe i identificira sve događaje dupliciranja gena u tim genskim stablima. Također izvodi zaključak o ukorijenjenom stablu vrste za vrstu koja se analizira i mapira događaje umnožavanja gena od stabla gena do grana u stablu vrsta. OrthoFinder također pruža opsežne statistike za komparativne genomske analize. OrthoFinder je jednostavan za korištenje i sve što trebate za njegovo pokretanje je skup datoteka sekvenci proteina (jedan po vrsti) u FASTA formatu. |
Slika 1: Automatska analiza OrthoFindera
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
2.5.5 | scientific/orthofinder/2.5.5 |
#!/bin/bash #PBS -N of-test #PBS -l select=1:ncpus=10 #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/orthofinder/2.5.5 of.sh orthofinder -f ExampleData/ -t $NCPUS |