Page History

Muscle v5 može generirati skupine alternativnih poravnanja visoke točnosti. Svi replikati imaju jednaku prosječnu točnost na benchmark testu, uključujući MSA napravljen sa zadanim parametrima. Uspoređujući rezultate nizvodne analize (stabla, predviđanje strukture...) na različitim replikama, možete procijeniti učinke pogrešaka poravnanja na vašu studiju.

#!/bin/bash

#PBS -N muscle-test
#PBS -l select=1:ncpus=12:mem=40GB
#PBS -q cpu_180

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/muscle/5.1

muscle.sh muscle -threads $NCPUS -align test.fa -output alignment.fasta