| Table of Contents |
|---|
Opis
CENSO (engl. Commandline ENergetic SOrting) je aplikacija za računalnu kemiju, tj. algoritam za sortiranje konformacijskih skupova, dobivenih iz CREST posla. Temelji se "tight-binding" aproksimaciji elektronske strukture molekula, a razvijaju je inženjeri Grimme lab, poznati po aplikacijama xTB i CREST.
CENSO radi u kombinaciji s drugim računalno-kemijskim aplikacijama poput xTB, CREST, ORCA i TURBOMOLE.
CREST je otvorenog koda, a podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|
| 1.2.0 | scientific/censo/1.2.0 | CPU | OpenMP |  |
Službena dokumentacija
Primjeri
Napomene
| Tip |
|---|
Potrebno je obratiti pozornost na dvije opcije kojima se upravlja paralelnim računom.
Npr. 5 neovisnih (maxthreads) računa, od kojih svaki koristi 4 procesorske jezgre (omp) zahtjeva 5×4, odnosno 20 slobodnih procesorskih jezgara. Važno je da je umnožak spomenutih dviju opcija jednak vrijednosti tj. argumentu opcije |
Primjer 1
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 8 neovisnih računa, a svaki će koristiti po 1 procesorsku jezgru.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=1:mem=2gb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/censo/1.2.0
censo -inprc $CENSORC -inp input.xyz -part0 on -chrg 1 -solvent h2o --maxthreads 8 --omp 1 |
Primjer 2
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 2 neovisna računa, a svaki će koristiti po 4 procesorske jezgre.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=1:mem=2gb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/censo/1.2.0
censo -inprc $CENSORC -inp input.xyz -part0 on -chrg 1 -solvent h2o --maxthreads 2 --omp 4 |