CENSO

Opis

CENSO (engl. Commandline ENergetic SOrting) je aplikacija za računalnu kemiju, tj. algoritam za sortiranje konformacijskih skupova, dobivenih iz CREST posla. Temelji se "tight-binding" aproksimaciji elektronske strukture molekula, a razvijaju je inženjeri Grimme lab, poznati po aplikacijama xTB i CREST.

CENSO radi u kombinaciji s drugim računalno-kemijskim aplikacijama poput xTB, CREST, ORCA i TURBOMOLE.

CREST je otvorenog koda, a podržava OpenMP paralelizaciju što znači da radi s dijeljenom memorijom te se ne može širiti van jednog računalnog čvora.

Verzije

Verzija	Modul	Podrška	Paralelizacija	Supek	Padobran
1.2.0	`scientific/censo/1.2.0`	CPU	OpenMP

Službena dokumentacija

https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/CENSO_docs/censo.html

Primjeri

Napomene

Potrebno je obratiti pozornost na dvije opcije kojima se upravlja paralelnim računom.

-P ili --maxthreads
- definira broj neovisnih računa tijekom posla.

-O ili --omp
- definira broj procesorskih jezgri koje će se pripisati jednom neovisnom računu.

Npr. 5 neovisnih (maxthreads) računa, od kojih svaki koristi 4 procesorske jezgre (omp) zahtjeva 5×4, odnosno 20 slobodnih procesorskih jezgara.

Važno je da je umnožak spomenutih dviju opcija jednak vrijednosti tj. argumentu opcije ncpus iz zaglavlja skripte.

Primjer 1

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 8 neovisnih računa, a svaki će koristiti po 1 procesorsku jezgru.

Bash skripta

#PBS -q cpu
#PBS -l select=8:ncpus=1:mem=2gb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/censo/1.2.0

censo -inprc $CENSORC -inp input.xyz -part0 on -chrg 1 -solvent h2o --maxthreads 8 --omp 1

Primjer 2

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 2 neovisna računa, a svaki će koristiti po 4 procesorske jezgre.