Versions Compared

Old Version 1

changes.mady.by.user Kristijan Mrkalj

Saved on

compared with

New Version 2

changes.mady.by.user Kristijan Mrkalj

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

Table of Contents

Opis

Programski paket Dalton sastoji se od dvije aplikacije; Dalton i LSDalton.

Dalton je znanstvena aplikacija koja se koristi za izvođenje kvantno-kemijskih računa, odnosno za računanje molekulskih svojstava i struktura, prije svega malih molekula. Aplikacija LSDalton je posebno usmjerena na proračune sustava velikih molekulskih sustava.

Dalton je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodijeljenom memorijom te se, prilikom izvođenja na Supeku, može širiti van jednog računalnog čvora.

Verzije

Dalton

VerzijaModulPrevodilacPodrškaParalelizacijaSupekPadobran
2020.1scientific/dalton/2020.1-gnuGNUCPUMPIcheck mark buttoncheck mark button

LSDalton

VerzijaModulPrevodilacPodrškaParalelizacijaSupekPadobran
2020.0scientific/lsdalton/2020.0-gnuGNUCPUMPIcheck mark buttoncheck mark button

Službena dokumentacija

Primjeri

Napomene

Warning

Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Crayev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.

Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je sve MPI procese smjestiti na isti čvor.

Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack.

Paralelno izvođenje

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 16 MPI procesa, na 16 CPU jezgara.

Code Block
languagebash
titleBash skripta
linenumberstrue
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=1300mb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load "scientific/dalton/2020.1-gnu"

export DALTON_TMPDIR=${TMPDIR}
export DALTON_LAUNCHER="mpiexec"
export JOB="input"

dalton -mb 16000 -nobackup ${JOB} ${JOB} ${JOB}
Warning

Aplikacija Dalton može maksimalno koristiti 16000 MB radne memorije, zadano kao argument opcije -mb.

Kako bi izbjegli prekide poslova, u zaglavlju zatražite nešto više memorije nego što će aplikacija koristiti, zbog mogućnosti povremenih prekoračenja.

U primjeru je zatraženo ukupno 16 chunk × 1300 MB/chunk = 20800 MB.