Table of Contents |
---|
Opis
Programski paket Dalton sastoji se od dvije aplikacije; Dalton i LSDalton.
Dalton je znanstvena aplikacija koja se koristi za izvođenje kvantno-kemijskih računa, odnosno za računanje molekulskih svojstava i struktura, prije svega malih molekula. Aplikacija LSDalton je posebno usmjerena na proračune velikih molekulskih sustava.
Dalton je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodijeljenom memorijom te se, prilikom izvođenja na Supeku, može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
Dalton
Verzija | Modul | Prevodilac | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
2020.1 * | scientific/dalton/2020.1-gnu | GNU | CPU | MPI |
* Verzija je, po uzoru na onu s računalnog klastera Isabella, prevedena s drugačijim parametrima u header datotekama.
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
DALTON/include/rspprp.h
MAXLBL = 30000
DALTON/include/infvar.h
MAXWOP = 1500000
DALTON/include/maxorb.h
MXSHEL = 8000
MXCORB = 7000
DALTON/include/aovec.h
MXAOVC = 72
DALTON/include/pcmdef.h
MXSP = 2000 |
LSDalton
Verzija | Modul | Prevodilac | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
2020.0 | scientific/lsdalton/2020.0-gnu | GNU | CPU | MPI |
Službena dokumentacija
Primjeri
Napomene
Warning |
---|
Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Crayev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se. Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je sve MPI procese smjestiti na isti čvor. Najjednostavniji način je korištenjem opcije |
Warning |
---|
Aplikacija Dalton može maksimalno koristiti 16000 MB radne memorije, zadano kao argument opcije Kako bi izbjegli prekide poslova, u zaglavlju zatražite nešto više memorije nego što će aplikacija koristiti, zbog mogućnosti povremenih prekoračenja. U primjeru je zatraženo ukupno 16 chunk × 1300 MB/chunk = 20800 MB. |
Paralelno izvođenje
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 16 MPI procesa, na 16 CPU jezgara.
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=16:mem=1300mb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load "scientific/dalton/2020.1-gnu" export DALTON_TMPDIR=${TMPDIR} export DALTON_LAUNCHER="mpiexec" export JOB="input" dalton -mb 16000 -nobackup ${JOB} ${JOB} ${JOB} |