Page History

...

#!/bin/bash

#PBS -N ncbi-ex
#PBS -l ncpus=32

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/NCBI-BLAST+/2.14.1

ncbi-blast+.sh blastp -query cow.1.protein.faa -db human.1.protein.faa -num_threads=$NCPUS -mt_mode=1

• blastn: Uspoređuje nukleotidni upitni slijed s bazom nukleotidnih slijedova.
• blastp: Uspoređuje aminokiselinski upitni slijed s bazom proteinskih slijedova.
• blastx: Prevođenje nukleotidnog upitnog slijeda u svih šest okvira i usporedba rezultirajućih aminokiselinskih slijedova s bazom proteinskih slijedova.
• tblastn: Uspoređuje proteinski upitni slijed s prevedenim nukleotidnim slijedovima iz baze.
• tblastx: Uspoređuje sve prevedene slijedove u šest okvira nukleotidnog upitnog slijeda s prevedenim nukleotidnim slijedovima iz baze.
• psiblast: Izvodi pozicijski specifičnu iteriranu pretragu BLAST za iterativne pretrage baza slijedova.
• rpsblast: Pretražuje upitni slijed protiv baze matrica pozicijski specifičnih skoriranja (PSSM).
• rpstblastn: Pretražuje upitni slijed protiv prevedene baze PSSM.
• rpstblastn: Pretražuje upitni slijed protiv prevedene baze PSSM, koristeći obrnutu translaciju.
• makeblastdb: Stvara BLAST bazu iz FASTA-formatiranog datotečnog slijeda.
• blastdbcmd: Omogućuje vam da dobijete slijedove ili informacije iz BLAST baze.
• blast_formatter: Formatira rezultate BLAST-a radi lakšeg tumačenja.
• deltablast: Izvodi osjetljivije pretrage baza koristeći upite temeljene na obrascima i pretrage temeljene na domenama.

...

#!/bin/bash

#PBS -N ncbi-ex
#PBS -l ncpus=16

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/NCBI-BLAST+/2.14.1

ncbi-blast+.sh blastp -query cow.1.protein.faa -db $BLASTDB/nr/nr -num_threads=$NCPUS -mt_mode=1