Opis

NCBI-BLAST+  je skup programa i algoritama razvijen i održavan od strane Nacionalnog centra za biotehnološke informacije (NCBI), koji je dio Nacionalne knjižnice medicine u Sjedinjenim Američkim Državama. NCBI-BLAST+ koristi se za usporedbu bioloških slijedova, kao što su DNA, RNA i proteinski slijedovi, s bazama poznatih slijedova kako bi se identificirale sličnosti i potencijalni homologni odnosi.

Paket NCBI-BLAST+ uključuje nekoliko alata i značajki za usporedbu i analizu slijedova, kao što su:

• BLASTp: Uspoređuje aminokiselinski upitni slijed s bazom proteinskih slijedova.
• BLASTn: Uspoređuje nukleotidni upitni slijed s bazom nukleotidnih slijedova.
• BLASTx: Prevođenje nukleotidnog upitnog slijeda u svih šest okvira i usporedba rezultirajućih aminokiselinskih slijedova s bazom proteinskih slijedova.
• tBLASTn: Uspoređuje proteinski upitni slijed s prevedenim nukleotidnim slijedovima iz baze.
• tBLASTx: Uspoređuje sve prevedene slijedove u šest okvira nukleotidnog upitnog slijeda s prevedenim nukleotidnim slijedovima iz baze.
• PSI-BLAST (Pozicijama specifično ponavljajuće pretraga BLAST): Koristi se za iterativne pretrage baza slijedova, što je korisno za otkrivanje udaljenijih homologa.
• DELTA-BLAST: Pruža osjetljiviju pretragu baza pomoću upita temeljenih na obrascima i pretrage temeljene na domenama.
• Baze za pretragu BLAST-a: NCBI-BLAST+ može raditi s različitim vrstama baza slijedova, kao što su neprikladna (NR) baza proteinskih slijedova, baze nukleotidnih slijedova i prilagođene baze koje korisnici sami stvaraju.

NCBI-BLAST+ široko se koristi u bioinformatičkim i genomskim istraživanjima radi identifikacije sličnosti između upitnih slijedova i slijedova u javno dostupnim bazama podataka, što ga čini neophodnim alatom za zadatke kao što su poravnanje slijedova, pretraga homologije, označavanje gena i funkcionalna predviđanja. Pruža vrijedne informacije istraživačima koji proučavaju odnose između različitih bioloških slijedova i njihovih funkcija.

Dostupne verzije

Verzija	Modul	Supek	Padobran
2.14.1	scientific/NCBI-BLAST+/2.14.1

Službena dokumentacija

• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/pdf/Bookshelf_NBK279690.pdf

Primjer korištenja

#!/bin/bash

#PBS -N ncbi-ex
#PBS -l ncpus=32

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/NCBI-BLAST+/2.14.1

ncbi-blast+.sh blastp -query cow.1.protein.faa -db human.1.protein.faa -num_threads=$NCPUS

• blastn: Uspoređuje nukleotidni upitni slijed s bazom nukleotidnih slijedova.
• blastp: Uspoređuje aminokiselinski upitni slijed s bazom proteinskih slijedova.
• blastx: Prevođenje nukleotidnog upitnog slijeda u svih šest okvira i usporedba rezultirajućih aminokiselinskih slijedova s bazom proteinskih slijedova.
• tblastn: Uspoređuje proteinski upitni slijed s prevedenim nukleotidnim slijedovima iz baze.
• tblastx: Uspoređuje sve prevedene slijedove u šest okvira nukleotidnog upitnog slijeda s prevedenim nukleotidnim slijedovima iz baze.
• psiblast: Izvodi pozicijski specifičnu iteriranu pretragu BLAST za iterativne pretrage baza slijedova.
• rpsblast: Pretražuje upitni slijed protiv baze matrica pozicijski specifičnih skoriranja (PSSM).
• rpstblastn: Pretražuje upitni slijed protiv prevedene baze PSSM.
• rpstblastn: Pretražuje upitni slijed protiv prevedene baze PSSM, koristeći obrnutu translaciju.
• makeblastdb: Stvara BLAST bazu iz FASTA-formatiranog datotečnog slijeda.
• blastdbcmd: Omogućuje vam da dobijete slijedove ili informacije iz BLAST baze.
• blast_formatter: Formatira rezultate BLAST-a radi lakšeg tumačenja.
• deltablast: Izvodi osjetljivije pretrage baza koristeći upite temeljene na obrascima i pretrage temeljene na domenama.

Dostupne baze za korištenje:

• nr
• nt
• swissprot
• kog
• pfam

Varijabla za baze BLASTDB

#!/bin/bash

#PBS -N ncbi-ex
#PBS -l ncpus=16

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/NCBI-BLAST+/2.14.1

ncbi-blast+.sh blastp -query cow.1.protein.faa -db $BLASTDB/nr/nr -num_threads=$NCPUS