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#!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l select=16 #PBS -N pmemd MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-gnu mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} \ sander.MPI -A -i md.mdin -p 4LYT.parm7 -c 4LYT.heat.rst7 -cpin 4LYT.cpin -o 4LYT.equil.mdout -cpout 4LYT.equil.cpout -r 4LYT.equil.rst7 -x 4LYT.equil.nc -cprestrt 4LYT.equil.cpin |
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#!/bin/bash #PBS -q gpu #PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=1 #PBS -N pmemd MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-cuda pmemd.cuda -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |
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#!/bin/bash #PBS -q gpu #PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1 #PBS -N pmemd MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-cuda mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} \ pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |
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