...
Primjeri
OpenMP (SMP)
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 4 OpenMP threada. (SMP = shared-memory parallelism)
...
Priprema ulaznih podataka - TmoleX
Za pripremu ulaznih podataka, odnosno input datoteka, korišten je programski paket TmoleX.
| Warning |
|---|
Kako bi se TmoleX u demo verziji.uspješno pokrenuo, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11. U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:
U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja. Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding). |
Aplikaciju je moguće pokrenuti na oba pristupna čvora učitavanjem modula turbomole u terminalu i pozivom aplikacije (TmoleX23).
| Code Block |
|---|
$ module load scientific/turbomole/7.7
$ TmoleX23 |
OpenMP (SMP)
Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada (SMP = shared-memory parallelism), a provodi optimizaciju jednostavne organske molekule. Unutar GUI aplikacije TmoleX, učitane su koordinate molekule, a aplikacija je potom postavke simulacije (metoda, uvjeti... ) pohranila u control datoteku.
...