Versions Compared

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

VMD (Visual Molecular Dynamics) je računalno-kemijska aplikacija za vizualizaciju molekula i njihovih trajektorija.

Verzije

verzijamodulpodrškaparalelizacija
1.9.3scientific/vmd/1.9.3GPU + CPUOpenMP, MPI

Službena dokumentacija

...

Warning

Budući da aplikacija podržava GPU ubrzanje, potrebno je pokretati je na pristupnom GPU čvoru, odnosno login-gpu.hpc.srce.hr.

Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni GPU čvor uz prosljeđivanje X11.


U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:

ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-gpu.hpc.srce.hr


U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.

Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).

Primjer korištenja

Code Block
languagebash
module load scientific/vmd/1.9.3

...

Code Block
languagebash
vmd amylase_solv_ions.gro

Image Added