VMD je potrebno koristiti isključivo za vizualizaciju.

Budući da aplikacija podržava GPU ubrzanje, potrebno je pokretati je na pristupnom GPU čvoru, odnosno login-gpu.hpc.srce.hr.

Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni GPU čvor uz prosljeđivanje X11.

U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:

ssh -X -i ~/.ssh/id_rsa username@login-gpu.hpc.srce.hr

U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja.

Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding).

module load scientific/vmd/1.9.3

vmd input.gro