...
TURBOMOLE je zatvorenog koda, a može se paralilizirati na paralelizirati na OpenMP ili MPI razini.
Verzije
...
Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada, a provodi optimizaciju jednostavne organske molekule. Unutar GUI aplikacije TmoleX, učitane su koordinate molekule, a aplikacije je potom postavke simulacije (metoda, uvjeti... ) pohranila u control
datoteku.
Ključna riječ, odnosno TURBOMOLE naredba jobex
poziva se u direktoriju u kojem se nalaze ostale input datoteke.
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l ncpus=4 ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/turbomole/7.7 export PARA_ARCH=SMP export PARNODES=4$OMP_NUM_THREADS export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH export PERL_BADLANG=0 jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3 |
...