...
| Warning |
|---|
GPU iskorištenje je u slučaju korištenja više grafičkih procesora relativno malo i kreće se do maksimalno 50% kod korištenja 2 GPU-a u većem broju testiranih primjera. Iz tog razloga, razmotrite korištenje jednog grafičkog procesora i više procesorskih jezgri. GPU iskorištenje se u slučaju korištenja 1 GPU + 8 CPU kreće i do 85%. |
Single GPU
Prilikom pozivanja aplikacije s mpiexec, MPI proces dodjeljuje se jednom grafičkom procesoru (putem varijable CUDA_VISIBLE_DEVICES), a svaka OpenMP nit (putem varijable OMP_NUM_THREADS) jednoj procesorskoj jezgri.
U primjeru niže, aplikacija će koristiti jedan grafički procesor te četiri procesorske jezgreosam procesorskih jezgara.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=8
#PBS -N run-gmx
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/gromacs/2022.5-gnu
gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...