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Code Block | ||||||
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#!/bin/bash
#PBS -q gpu
#PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1
#PBS -N run-pmemd
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/amber/22-cuda
mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth \
pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |
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