Table of Contents |
---|
Opis
Amber je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula.
Amber se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.
Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP,kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
verzija | modul | podrška | paralelizacija |
---|---|---|---|
22 | scientific/amber/22-gnu | CPU | MPI + OpenMP |
22 | scientific/amber/22-cuda | GPU + CPU | MPI + OpenMP |