...
Moduli koji dopremaju Trinity u Vašu okolinu definirani su u tablici niže:
| Verzija | Modul |
2.8.3 | bioinfo/Trinity-RNASeq/2.8.3 |
2.8.5 | bioinfo/Trinity-RNASeq/2.8.5 |
2.8.6 | bioinfo/Trinity-RNASeq/2.8.6 |
2.15.0 | bioinfo/Trinity-RNASeq/2.15.0 |
Primjer korištenja (v2.15.0)
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#$ -N trinity
#$ -pe *mpisingle 4
#$ -l memory=2
#$ -cwd
module load "bioinfo/Trinity-RNASeq/2.15.0"
Trinity --seqType fq --max_memory 8G --left reads.left.fq.gz --right reads.right.fq.gz --SS_lib_type RF --CPU ${NSLOTS} --no_cleanup |
...