Na računalnom klasteru dostupan je set alata GATK4 verzija 4.2.6.1
Popis dostupnih alata za ovu verziju dostupan je na službenim stranicama.
Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
Verzija | Modul |
---|---|
4.2.6 | bioinfo/gatk4/4.2.6 |
Primjer korištenja
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash #$ -N testni_posao #$ -cwd #$ -q a12.q 1 module load bioinfo/gatk4/4.2.6 gatk --java-options "-Xmx8G" HaplotypeCaller -R reference.fasta -I input.bam -O output.vcf |
S obzirom da veliki broj alata nema mogućnost kontrole broja jezgara koji se koristi, poslovi se šalju kao serijski.
Tip | ||
---|---|---|
| ||
Kod korištenja alata koji imaju mogućnost korištenja više dretvi ili više jezgara obavezno je korištenje mpisingle okoline s obzirom da gatk4 nema mogućnost širenja van jednog radnog čvora. Također, bitno je navoditi da se koristi jednak broj jezgara koji je i tražen u skripti za podnošenje poslova. |