Versions Compared

Old Version 1

changes.mady.by.user Marko Hrženjak

Saved on

compared with

New Version Current

changes.mady.by.user Jurica Špoljar

Saved on

Key

  • This line was added.
  • This line was removed.
  • Formatting was changed.

...

Code Block
languagebash
titlesamtools.sge
#!/bin/bash
#$  -N samtools_threading
#$  -cwd
#$  -pe *mpisingle 4
 
module load bioinfo/Samtools/1.15.1  
 
samtools sort -@ 4$NSLOTS P3TLH.bam


Info
titleVažno

Ako se radi sa s velikim datotekama SAM ili BAM,  poželjno je koristiti *mpisingle  i odrediti veći broj jezgri. Ovisno o alatu u samtools-ima većina ima opciju -@ za određivanje threadova. Broj threadova mora odgovarati broju zadanih jezgri.traženih jezgri, u gornjem primjeru definirano varijablom $NSLOTS


Instalacija

Preduvjet za instalaciju je biblioteka htslib.

...