...
| verzija | modul | podrška | paralelizacija | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|
| 7.7 | scientific/turbomole/7.7 | CPU | OpenMP, MPI |  |  |
| 7.7.1 | scientific/turbomole/7.7.1 | CPU | OpenMP, MPI | | |
| 7.8 | scientific/turbomole/7.8 | CPU | OpenMP, MPI | | |
Službena dokumentacija
Primjeri
OpenMP
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 4 OpenMP threada. (SMP = shared-memory parallelism)
...
Priprema ulaznih podataka - TmoleX
Za pripremu ulaznih podataka, odnosno input datoteka, korišten je programski paket TmoleX.
| Warning |
|---|
Kako bi se TmoleX u demo verziji.uspješno pokrenuo, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11. U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:
U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja. Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding). |
Aplikaciju je moguće pokrenuti na oba pristupna čvora učitavanjem modula turbomole u terminalu i pozivom aplikacije (TmoleX23).
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
$ module load scientific/turbomole/7.7
$ TmoleX23 |
OpenMP (SMP)
Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada (SMP = shared-memory parallelism), a provodi optimizaciju jednostavne organske molekule. Unutar GUI aplikacije TmoleX, učitane su koordinate molekule, a aplikacija je potom postavke simulacije (metoda, uvjeti... ) pohranila u control datoteku.
Ključna riječ, odnosno TURBOMOLE naredba jobex poziva se u direktoriju u kojem se nalaze ostale input datoteke.
Gotove ulazne podatke, s PBS skriptom za podnošenje, možete preuzeti u obliku zip arhive.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l ncpus=4 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/turbomole/7.7 export PARA_ARCH=SMP export PARNODES=$OMP_NUM_THREADS export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH export PERL_BADLANG=0 jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3 |
MPI
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa.
Primjer je identičan prethodno opisanom primjeru (izuzev tipa, odnosno razine paralelizacije).
| Warning |
|---|
PBS opcija:
nastoji postići da se svi MPI procesi (select vrijednosti, odnosno PBS chunkovi zadrže unutar istog čvora. |
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=4
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/turbomole/7.7
export PARA_ARCH=MPI
export PARNODES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH
export PERL_BADLANG=0
export TURBOTMPDIR=$TMPDIR
jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3 |
...