Korištenje
Dostupne verzije su:
Verzija | Modul |
---|---|
4.0.1.2 | orca/4.0.1.2 |
4.1.2 | orca/4.1.2 |
4.2.0 | orca/4.2.0 |
5.0.0 | orca/5.0.0 |
5.0.2 | orca/5.0.2 |
5.0.3 | orca/5.0.3 |
5.0.4 | orca/5.0.4 |
Aplikacija ORCA preuzeta je s https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php .
Aplikacija je već unaprijed kompajlirana u izvršni oblik i linkana na OpenMPI 2.0.2.
Dostupne verzije su:
Verzija | Modul |
---|---|
4.0.1.2 | orca/4.0.1.2 |
Primjer korištenja:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/sh #$ -N beastorca-teran #$ -q p28.q #$ -pe *mpi 14 #$ -cwd # load program environment module load orca/4.0.1.2 # run the program run-orca-isabella.sh job.inp |
...
Warning | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
U %PAL sekciji ulazne datoteke Ako se primjerice zatražilo 14 slotova (
Za zahtjevnije simulacije poželjno je definirati %MaxCore sekciju ulazne datoteke i to tako da odgovara otprilike 75% zatražene memorije u poslu. Ako se zatraži 20 GB radne memorije po jezgri (
Napomena: vrijednost ( Također, ulazna datoteka job.inp ne bi smjela sadržavati razmake (whitespace) u svom imenu. |
...
Po završetku posla, datoteke *.gbw
, *.xyz
te *.trj
koje je aplikacija generirala/koristila u izvršavanju posla će se spremiti u direktorij iz kojeg je posao pokrenut.
Verzija 4.2.0 sprema sve datoteke koje je aplikacija generirala/koristila kod izvršavanja posla u direktorij iz kojeg je posao pokrenut.
Instalacija
Aplikacija ORCA preuzeta je s https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php .
Aplikacija se distribuira u izvršnom obliku te se u verziji 4.0.1.2 oslanja na OpenMPI 2.0.2, u verziji 4.1.2 i 4.2.0 na OpenMPI 3.1.3, a u verziji 5.0.0, 5.0.2 i 5.0.3 na OpenMPI 4.1.1.