Table of Contents |
---|
Opis
Q6 je skup računalno-kemijskih alata za molekularnu dinamiku.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodijeljenom memorijom te se može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
Verzija | Modul | Kompajler | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
23.11 * | scientific/q6/23.11 | GNU | CPU | MPI |
* https://github.com/qusers/Q6, master branch, commit d993af2 (Nov 7 2023)
Warning |
---|
Aplikacija ne koristi Crayevu MPICH implementaciju već koristi Open MPI. |
Službena dokumentacija
Izvršne datoteke
Serijske | Qcalc6 | Qdum6 | Qdyn6 | Qfep6 | Qpi6 | Qprep6 |
---|---|---|---|---|---|---|
Paralelizirane | - | - | Qdyn6p | - | Qpi6p | - |
Primjeri
MPI
- U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 MPI procesa.
- Svakom MPI procesu dodijelit će se 500 MiB radne memorije.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=32:mem=500mb cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/q6/23.11 mpirun -hostfile ${PBS_NODEFILE} Qdyn6p input.inp |
Tip | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||
U slučaju izvođenja na računalnom klasteru Padobran, aplikaciju je potrebno zadržati u granicama jednog čvora, dodavanjem opcije:
|