Opis
Q6 je skup računalno-kemijskih alata za molekularnu dinamiku.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodijeljenom memorijom te se može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
| Verzija | Modul | Kompajler | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 23.11 * | scientific/q6/23.11 | GNU | CPU | MPI | ||
| 21.09 ** | scientific/q6-esguerra/21.09 | Intel | CPU | MPI |
* https://github.com/qusers/Q6, master branch, commit d993af2 (Nov 7 2023)
** https://github.com/esguerra/q6 (Q6 fork), master branch, commit 202d90c (Sep 10 2021)
Aplikacija ne koristi Crayevu MPICH implementaciju.
Službena dokumentacija
Izvršne datoteke
| Serijske | Qcalc6 | Qdum6 | Qdyn6 | Qfep6 | Qpi6 | Qprep6 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Paralelizirane | - | - | Qdyn6p | - | Qpi6p | - |
Primjeri
MPI
- U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 MPI procesa.
- Svakom MPI procesu dodijelit će se 500 MiB radne memorije.
Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:mem=500mb
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/q6/23.11
mpirun -hostfile ${PBS_NODEFILE} Qdyn6p input.inp
Padobran
U slučaju izvođenja na računalnom klasteru Padobran, aplikaciju je potrebno zadržati u granicama jednog čvora, dodavanjem opcije:
#PBS -l place=pack