...
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
3.2.7a | scientific/MrBayes/3.2.7a | ||
3.2.7a | scientific/MrBayes/3.2.7a-gpu | ||
3.2.5 | scientific/MrBayes/3.2.5 |
...
- Primjeri dolaze sa samim programom i nalaze se u /apps/scientific/mrbayes/3.2.7a/share/examples
- mb je inače serijski program, kompajlan je sa mpi-em kako bi paralelizirali poslove
Korištenje na Padobranu
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash
#PBS -N mb-test
#PBS -l select=1:ncpus=2:mem=10GB
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/MrBayes/3.2.7a
mpiexec mb hymfossil.nex |
Korištenje na Supeku
- U slučaju velikog broja generacija i run-ova u nex datoteci preporuča se izvesti račun na Supeku
- Korištenje više gpu nije preporučljivo pošto ih BEAGLE knjižnica ne koristi učinkovito
- walltime odrediti otprilike koliko mr-bayes zada u log-u
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#!/bin/bash #PBS -N mrbayes-test_gpu #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB:ngpus=1 #PBS -l walltime=120:00:00 #PBS -q gpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/mrbayes/3.2.7a-gpu mb All3_75_EDMv3_mrbayesblock.nex > log |