Table of Contents |
---|
Opis
Amber je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula.
Amber se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.
Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP,kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
...
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|
22 | scientific/amber/22-gnu | CPU | MPI + OpenMP | ||
22 | scientific/amber/22-cuda | GPU + CPU | MPI + OpenMP |
Službena dokumentacija
Primjeri
Napomene
Warning | ||
---|---|---|
| ||
Podrazumijevano PBS ponašanje je „slobodno" razmještanje chunkova po slobodnim čvorovima. Zbog aktualnog cray-pals buga, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit te proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se. |
GPU
...
Kako bi sigurno izbjegli bug, potrebno je sve MPI procese smjestiti na isti čvor. Najjednostavniji način je korištenjem opcije:
|
Tip | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
| |||||||
U slučaju izvođenja na računalnom klasteru Padobran, aplikaciju je potrebno zadržati u granicama jednog čvora, dodavanjem opcije:
|
CPU
MPI
U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 16 CPU jezgara.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=500mb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/amber/22-gnu
mpiexec sander.MPI -A -i md.mdin -p 4LYT.parm7 -c 4LYT.heat.rst7 -cpin 4LYT.cpin -o 4LYT.equil.mdout -cpout 4LYT.equil.cpout -r 4LYT.equil.rst7 -x 4LYT.equil.nc -cprestrt 4LYT.equil.cpin |
GPU
Aplikaciju možete paralelizirati korištenjem jednog ili više grafičkih procesora.
Single GPU
U primjeru niže,
...
aplikaciji će se dodijeliti 1 GPU i 1 CPU
...
jezgra.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
...
#PBS -q gpu
#PBS -l select= |
...
1:ngpus=1:ncpus=1 |
...
:mem=2gb
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/amber/22-cuda
pmemd.cuda -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |
Multi GPU
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, pri čemu će se svakom MPI procesu dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q gpu #PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1:mem=2gb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-cuda mpiexec |
...
pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc |