...
Verzija | Modul |
---|---|
14-7e284 | bioinfo/MMseqs2/14-7e284 |
Korištenje
Primjer 1.
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash #$ -N mmseq2-test #$ -cwd #$ -pe p28-mpifullmpi 208 module load bioinfo/MMseqs2/14-7e284 RUNNER="mpirun -np $NSLOTS" mmseqs easy-search examples/QUERY.fasta examples/DB.fasta alnRes.m8 --threads 1 tmp |
Primjer 2.
Info | ||
---|---|---|
| ||
U ovom primjeru se zauzima jedan cijeli čvor s kombinacijom np x threads, umnožak dviju vrijednosti mora biti jednak 28. |
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#$ -N mmseq2-test
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 28
module load bioinfo/MMseqs2/14-7e284
RUNNER="mpirun -np 7" mmseqs easy-search examples/QUERY.fasta examples/DB.fasta alnRes.m8 --threads 4 tmp Apllikacija koristi mpirun, stoga je potrebno paziti na broj traženih jezgri. Vodi se kao np x threads. |
Instalacija
- Korišten je prevodioc gcc/9
- Za mpi je korišten mpi/openmpi41-intel-x86_64
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
module load gcc/9 module load mpi/openmpi41-x86_64 git clone https://github.com/soedinglab/MMseqs2.git cd MMseqs2/ mkdir build cmake3 CMakeLists.txt -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/mhrzenja/mmseqs2/MMseqs2/build -DHAVE_AVX2=1 -DHAVE_MPI=1 make make install |
...