Opis
Ovaj projekt je modificirana verzija DeepMindovog AlphaFold2 za postizanje visokoučinkovitog predviđanja strukture proteina. Glavni cilj je podijeliti CPU dio (MSA i pretraživanje predložaka) i GPU dio (model predviđanja).
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|
| 1.4.0 | scientific/parafold/2.3.1 |  | 
|
Službena dokumentacija
Primjer korištenja
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | parafold-MSA.pbs |
|---|
|
#PBS -N parafold-MSA-ursus
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=10GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/parafold/2.3.1
parafold.sh run_alphafold.sh -d $ALPHADB -o output -f -i ursar_cyt-b.fasta -p monomer_ptm |
- Više od 8 zatraženih cpu-a nece ubrzati MSA dio
- -f opcija odvaja cpu i GPU dio
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | parafold-prediction.pbs |
|---|
|
#PBS -N parafold-MSA-ursus
#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB:ngpus=1
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/parafold/2.3.1
parafold.sh run_alphafold.sh -d $ALPHADB -o output -i ursar_cyt-b.fasta -p monomer_ptm |