Opis

Ovaj projekt je modificirana verzija DeepMindovog AlphaFold2 za postizanje visokoučinkovitog predviđanja strukture proteina. Glavni cilj je podijeliti CPU dio (MSA i pretraživanje predložaka) i GPU dio (model predviđanja).


Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
1.4.0scientific/parafold/2.3.1(tick) (error)
 


Službena dokumentacija

Primjer korištenja

parafold-MSA.pbs
#PBS -N parafold-MSA-ursus
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=10GB

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/parafold/2.3.1

parafold.sh run_alphafold.sh -d $ALPHADB -o output -f -i ursar_cyt-b.fasta -p monomer_ptm
  • Više od 8 zatraženih cpu-a nece ubrzati MSA dio
  • -f opcija odvaja cpu i GPU dio
parafold-prediction.pbs
#PBS -N parafold-MSA-ursus
#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB:ngpus=1

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/parafold/2.3.1

parafold.sh run_alphafold.sh -d $ALPHADB -o output -i ursar_cyt-b.fasta -p monomer_ptm