...
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.3.3 | bioinfo/megalodon/2.3.3 |
Primjer skripte za opis poslova:
...
| Tip | ||
|---|---|---|
| ||
Aplikacija je instalirana i konfigurirana u Python virtualnom okruženju kojeg korisnik može proširiti sa svojim proizvoljnim Python aplikacijama. Nakon učitavanja modula, korisnik dodatne aplikacije instalira s:
|
Instalacija
Preduvjet za instalaciju aplikacije Megalodon jest Guppy basecaller. Potrebni CentOS RPM paket se nalazi na: https://community.nanoporetech.com/downloads . Aplikacija se također povezuje na ZeroMQ biblioteku koja je instalirana iz Software collections repozitorija dodatnih paketa sustava CentOS 7. Sama aplikacija Megalodon se distribuira kroz Python paketni sustav PyPI. Na klasteru je instaliran u zasebnom Python virtual okruženju.
| Code Block | ||
|---|---|---|
| ||
yum localinstall -y ont-guppy-5.0.11-1.el7.x86_64.rpm
python3 -m venv /apps/virtenv/megalodon2.3.3
source /apps/virtenv/megalodon2.3.3/activate
pip3 install -U pip
pip3 install numpy
pip3 install ont-pyguppy-client-lib==5.0.11
pip3 install megalodon==2.3.3 |