...
NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline dizajniran je za označavanje bakterijskih i arhealnih genoma (kromosoma i plazmida). Označavanje genoma proces je na više razina koji uključuje predviđanje gena koji kodiraju proteine, kao i drugih funkcionalnih jedinica genoma kao što su strukturne RNA, tRNA, male RNA i pseudogeni.
Dostupne verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|
| build7426 | scientific/pgap/build7426 | 
| 
|
| build7555 | scientific/pgap/build7555 | |
|
Službena dokumentacija
Primjer
| Warning |
|---|
Obavezno staviti opciju --no-self-update |
- kontejner potreban za pokretanje okoline za pgap.py nalazi se u $PGAP_ENV/pgap_2024-04-27.build7426.sif
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| theme | Midnight |
|---|
| title | pgap |
|---|
|
#PBS -N pgap-test
#PBS -l select=1:ncpus=12:mem=20GB
#PBS -q cpu
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/pgap/build7426build7555
pgap.py --container-path $PGAP_ENV/pgap_2024-04-27.build7426.sif input.yaml --report-usage-false -o test2 --cpus $NCPUS --memory 60 20 --no-self-update |