Opis

NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline dizajniran je za označavanje bakterijskih i arhealnih genoma (kromosoma i plazmida). Označavanje genoma proces je na više razina koji uključuje predviđanje gena koji kodiraju proteine, kao i drugih funkcionalnih jedinica genoma kao što su strukturne RNA, tRNA, male RNA i pseudogeni.

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
build7426scientific/pgap/build7426 (error)
 		(tick)
 
build7555scientific/pgap/build7555(error)(tick)
 

Službena dokumentacija

Primjer

Obavezno staviti opciju --no-self-update


  • kontejner potreban za pokretanje okoline za pgap.py nalazi se u $PGAP_ENV/pgap_2024-04-27.build7426.sif
pgap
#PBS -N pgap-test
#PBS -l select=1:ncpus=12:mem=20GB
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/pgap/build7555

pgap.py input.yaml --report-usage-false -o test2 --cpus $NCPUS --memory 20 --no-self-update


  • No labels