...
MrBayes je program za Bayesovo zaključivanje i izbor modela u širokom rasponu filogenetskih i evolucijskih modela. MrBayes koristi metode Markovljevog lanca Monte Carlo (MCMC) za procjenu posteriorne distribucije parametara modela.
Dostupne verzije
Vrančić(Padobran)Padobran |
---|
3.2.7a | scientific/MrBayes/3.2.7a | | |
3.2.7a | scientific/MrBayes/3.2.7a-gpu | | |
3.2.5 | scientific/MrBayes/3.2.5 | | |
Primjer korištenja
- Primjeri dolaze sa samim programom i nalaze se u /apps/scientific/mrbayes/3.2.7a/share/examples
- mb je inače serijski program, kompajlan je sa mpi-em kako bi paralelizirali poslove
Korištenje na Padobranu
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Midnight |
---|
title | mb.pbs |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -N mb-test
#PBS -l select=1:ncpus=2:mpiprocsmem=210GB
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/MrBayes/3.2.7a
mpiexec mb hymfossil.nex |
Korištenje na Supeku
- U slučaju velikog broja generacija i run-ova u nex datoteci preporuča se izvesti račun na Supeku
- Korištenje više gpu nije preporučljivo pošto ih BEAGLE knjižnica ne koristi učinkovito
- walltime odrediti otprilike koliko mr-bayes zada u log-u
Code Block |
---|
language | bash |
---|
theme | Midnight |
---|
title | gpu |
---|
|
#!/bin/bash
#PBS -N mrbayes-test_gpu
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB:ngpus=1
#PBS -l walltime=120:00:00
#PBS -q gpu
cd $PBS_O_WORKDIR
module load scientific/mrbayes/3.2.7a-gpu
mb All3_75_EDMv3_mrbayesblock.nex > log |