MIRA je višeprolazni alat za sastavljanje/mapiranje podataka sekvenci DNK za cijeli genom i EST/RNASeq projekte.
MIRA sastavlja/mapira čitanja dobivena:
- sekvenciranje sekvenciranjem elektroforeze (aka Sanger sekvenciranje)
- Illumina (Solexa) sekvenciranje
- 454 piro-sekvenciranje (GS20, FLX ili Titanium)
- Ion Torrent
...
Prilagođen je mini.fasta u mini.fna jer je analiza rađena bez .fasta.qual datoteke.
Verzija | Modul |
---|---|
V5rc1 | bioinfo/MIRA/V5rc1 |
Primjer korištenja:
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -N miratest
#$ -pe *mpisingle 2
module load bioinfo/MIRA/V5rc1
mira manifest.txt -t $NSLOTS
|
Primjer manifesta:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
projectname = U13_manifest job = denovo,genome,accurate parameters = \ -GE:not=4\ --noclipping\ SANGER_SETTINGS -AS:epoq=no readgroup = bla data = mini.fna technology = sanger |
...