MIRA je alat za sastavljanje/mapiranje podataka sekvenci DNK za cijeli genom i EST/RNASeq projekte.

MIRA sastavlja/mapira čitanja dobivena:

• • • • • • • sekvenciranjem elektroforeze (aka Sanger sekvenciranje)
            •  Illumina (Solexa) sekvenciranje
            • 454 piro-sekvenciranje (GS20, FLX ili Titanium)
            • Ion Torrent

Potrebno je napisati manifest sa parametrima. Više o korištenju i parametrima: https://mira-assembler.sourceforge.net/docs/DefinitiveGuideToMIRA.html#chap_intro

Primjer je preuzet sa: https://github.com/bachev/mira/tree/master/test

Prilagođen je mini.fasta u mini.fna jer je analiza rađena bez .fasta.qual datoteke.

Primjer korištenja:

#!/bin/bash

#$ -cwd
#$ -N miratest
#$ -pe *mpisingle 2

module load bioinfo/MIRA/V5rc1

mira manifest.txt -t $NSLOTS

Primjer manifesta:

projectname = U13_manifest
job = denovo,genome,accurate
parameters = \
	   -GE:not=4\
	   --noclipping\
	   SANGER_SETTINGS -AS:epoq=no      
readgroup = bla
data = mini.fna
technology = sanger