Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|
| 2.2 | bioinfo/bwa-mem2 |
Primjer skripte za opis poslova:
- primjer je napravljen prema uputama sa stranice (bwa-mem2)
human_g1k_v37.fasta je preuzet
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | indeksiranje.sge |
|---|
|
#!/bin/bash
#$ -N bwa-mem2_indeksiranje
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 2
#$ -l memory=35
module load bioinfo/bwa-mem2/2.2
bwa-mem2 index human_g1k_v37.fasta |
- Primjeri su preuzeti uz pomoć sra-tools
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | bwa-mem2.sge |
|---|
|
#!/bin/bash
#$ -N bwa-mem2
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 16
module load bioinfo/bwa-mem2/2.2
bwa-mem2 mem -t $NSLOTS human_g1k_v37.fasta human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d3_align.sam |
| Info |
|---|
| title | Upotreba u slučaju velikih podataka |
|---|
|
Pri indeksiranju potrebne su velike količine RAM-a stoga se preporuča po izračunu 28GB * N(N je veličina datoteke koja se indeksira). Koristi se -l memory=(količina memorije). Zbog velike količine radne memorije poslovi indeksiranja se šalju isključivo na p20 ili 28. |