https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/contents.htmlO programu XTB i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama. 

Dostupne verzije su:

Primjer korištenja

module load xtb/*verzija*

...

module load xtb/*verzija*

export OMP_STACKSIZE=1G
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1
export OMP_MAX_ACTIVE_LEVELS=1

U slučaju da neki od dijelova zahtjeva više memorije, program je moguće pokrenuti na ScaleMP vSMP čvoru.

Korištenje paketa na ScaleMP vSMP čvoru

...

Pokretanje XTB programa

Za pokretanje programa, potrebno je imati datoteku u formatu:

  20

C     2.081440     0.615100    -0.508430
C     2.742230     1.824030    -1.200820
N     4.117790     1.799870    -1.190410
C     4.943570     2.827040    -1.822060
C     6.440080     2.569360    -1.637600
O     7.351600     3.252270    -2.069090
N     0.610100     0.695090    -0.538780
O     2.095560     2.724940    -1.739670
O     6.705220     1.463410    -0.897460
H     0.303080     1.426060     0.103770
H     0.338420     1.050680    -1.460480
C     2.488753    -0.593400    -1.198448
H     2.416500     0.557400     0.532050
H     4.614100     1.081980    -0.670550
H     4.699850     3.794460    -1.373720
H     4.722890     2.844690    -2.894180
H     7.687400     1.448620    -0.860340
H     2.029201    -1.457008    -0.719999
H     2.170233    -0.542411    -2.238576
H     3.572730    -0.688405    -1.154998

Pokretanje xTB/CREST paketa u mpisingle paralelnoj okolini

Aplikacija nema mogućnost širenja na više čvorova te je obavezno korištenje paralelne okoline mpisingle.

Modul xtb/6.4.1. doprema u okolinu xtb verziju 6.4.1 i CREST 2.11.1.

Primjer skripte za pokretanje posla s testnom datotekom struc.xyz u p28-mpisingle paralelnoj okolini dan je niže. Posao je pokrenut na jednom čvoru s 4 jezgre.

#!/bin/bash
#$ -N xTB_job
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 4

module load xtb/6.4.1

export OMP_STACKSIZE=1G
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1
export OMP_MAX_ACTIVE_LEVELS=1
 
xtb struc.xyz

Pokretanje CREST programa na mpisingle paralelnoj okolini

Aplikacija nema mogućnost širenja na više čvorova te je obavezno korištenje paralelne okoline mpisingle.

Za korištenje CREST-a u mpisingle paralelnoj okolini pripremljen je modul xtb/6.4.1. Naredba module load xtb/6.4.1 u Vašu okolinu doprema CREST v.2.11.1, no i xTB v.6.4.1 koji je nužan za provođenje izračuna.

Primjer skripte za pokretanje posla na testnoj datoteci struc.xyz (uz vodu kao odabrano otapalo) u p28-mpisingle paralelnoj okolini dan je niže. Posao je pokrenut na jednom čvoru s 4 jezgre.

O programu CREST i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama. 

#$ -N CREST_job
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 4

module load xtb/6.4.1

export OMP_STACKSIZE=1G
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1
export OMP_MAX_ACTIVE_LEVELS=1
 
crest struc.xyz -gfn2 -g h2o -T $NSLOTS

U slučaju da neki od dijelova zahtjeva više memorije, program je moguće pokrenuti na ScaleMP vSMP čvoru.

Korištenje XTB paketa na ScaleMP vSMP čvoru

Za korištenje XTB paketa na ScaleMP vSMP čvoru pripremljen je poseban modul xtb/vsmp. Osim XTB programa kroz modul je moguće pokretati programe enso.py, crest i anmr.

primjer skripte za pokretanje posla:

#!/bin/bash
#$ -N xtb_job 
#$ -cwd
#$ -pe vsmp 2
#$ -j y
module load xtb/vsmp
# Setting stacksize to unlimited
ulimit -s unlimited

#Use RAM as scratch
export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR"
export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS)

taskset -c $CORES xtb -P $NSLOTS struc.xyz

Pokretanje CREST programa na ScaleMP vSMP čvoru

Prije nego se pokrene posao koji koristi crest program, nužno je izvesti slijedeće naredbe u direktoriju u kojem će se pokrenuti skripta za posao:

...