https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/contents.htmlO programu XTB i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.
Dostupne verzije su:
Verzija | Modul |
---|---|
6.2 | xtb/6.2 |
6.2.2 | xtb/6.2.2 |
6.3.3 | xtb/vsmp |
6.4.1 | xtb/6.4.1 |
Primjer korištenja
Code Block |
---|
module load xtb/*verzija* |
...
Warning | ||
---|---|---|
Ukoliko želite aplikaciju izvoditi paralelno, nakon gore spomenute naredbe, u skriptu za opis posla OBAVEZNO je navesti i parametre:
|
U slučaju da neki od dijelova zahtjeva više memorije, program je moguće pokrenuti na ScaleMP vSMP čvoru.
Korištenje paketa na ScaleMP vSMP čvoru
...
Pokretanje XTB programa
Za pokretanje programa, potrebno je imati datoteku u formatu:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
20 C 2.081440 0.615100 -0.508430 C 2.742230 1.824030 -1.200820 N 4.117790 1.799870 -1.190410 C 4.943570 2.827040 -1.822060 C 6.440080 2.569360 -1.637600 O 7.351600 3.252270 -2.069090 N 0.610100 0.695090 -0.538780 O 2.095560 2.724940 -1.739670 O 6.705220 1.463410 -0.897460 H 0.303080 1.426060 0.103770 H 0.338420 1.050680 -1.460480 C 2.488753 -0.593400 -1.198448 H 2.416500 0.557400 0.532050 H 4.614100 1.081980 -0.670550 H 4.699850 3.794460 -1.373720 H 4.722890 2.844690 -2.894180 H 7.687400 1.448620 -0.860340 H 2.029201 -1.457008 -0.719999 H 2.170233 -0.542411 -2.238576 H 3.572730 -0.688405 -1.154998 |
Pokretanje xTB/CREST paketa u mpisingle paralelnoj okolini
Aplikacija nema mogućnost širenja na više čvorova te je obavezno korištenje paralelne okoline mpisingle.
Modul xtb/6.4.1. doprema u okolinu xtb verziju 6.4.1 i CREST 2.11.1.
Primjer skripte za pokretanje posla s testnom datotekom struc.xyz u p28-mpisingle paralelnoj okolini dan je niže. Posao je pokrenut na jednom čvoru s 4 jezgre.
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash
#$ -N xTB_job
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 4
module load xtb/6.4.1
export OMP_STACKSIZE=1G
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1
export OMP_MAX_ACTIVE_LEVELS=1
xtb struc.xyz |
Pokretanje CREST programa na mpisingle paralelnoj okolini
Aplikacija nema mogućnost širenja na više čvorova te je obavezno korištenje paralelne okoline mpisingle.
Za korištenje CREST-a u mpisingle paralelnoj okolini pripremljen je modul xtb/6.4.1. Naredba module load xtb/6.4.1 u Vašu okolinu doprema CREST v.2.11.1, no i xTB v.6.4.1 koji je nužan za provođenje izračuna.
Primjer skripte za pokretanje posla na testnoj datoteci struc.xyz (uz vodu kao odabrano otapalo) u p28-mpisingle paralelnoj okolini dan je niže. Posao je pokrenut na jednom čvoru s 4 jezgre.
O programu CREST i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#$ -N CREST_job
#$ -cwd
#$ -pe p28-mpisingle 4
module load xtb/6.4.1
export OMP_STACKSIZE=1G
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1
export OMP_MAX_ACTIVE_LEVELS=1
crest struc.xyz -gfn2 -g h2o -T $NSLOTS |
U slučaju da neki od dijelova zahtjeva više memorije, program je moguće pokrenuti na ScaleMP vSMP čvoru.
Korištenje XTB paketa na ScaleMP vSMP čvoru
Za korištenje XTB paketa na ScaleMP vSMP čvoru pripremljen je poseban modul xtb/vsmp. Osim XTB programa kroz modul je moguće pokretati programe enso.py, crest i anmr.
primjer skripte za pokretanje posla:
Code Block | ||
---|---|---|
| ||
#!/bin/bash #$ -N xtb_job #$ -cwd #$ -pe vsmp 2 #$ -j y module load xtb/vsmp # Setting stacksize to unlimited ulimit -s unlimited #Use RAM as scratch export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR" export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS) taskset -c $CORES xtb -P $NSLOTS struc.xyz |
Pokretanje CREST programa na ScaleMP vSMP čvoru
Prije nego se pokrene posao koji koristi crest program, nužno je izvesti slijedeće naredbe u direktoriju u kojem će se pokrenuti skripta za posao:
...