O programu XTB i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.
Dostupne verzije su:
Verzija | Modul |
---|---|
6.2 | xtb/6.2 |
6.2.2 | xtb/6.2.2 |
6.3.3 | xtb/vsmp |
6.4.1 | xtb/6.4.1 |
module load xtb/*verzija* |
Ukoliko želite aplikaciju izvoditi paralelno, nakon gore spomenute naredbe, u skriptu za opis posla OBAVEZNO je navesti i parametre:
|
Za pokretanje programa, potrebno je imati datoteku u formatu:
20 C 2.081440 0.615100 -0.508430 C 2.742230 1.824030 -1.200820 N 4.117790 1.799870 -1.190410 C 4.943570 2.827040 -1.822060 C 6.440080 2.569360 -1.637600 O 7.351600 3.252270 -2.069090 N 0.610100 0.695090 -0.538780 O 2.095560 2.724940 -1.739670 O 6.705220 1.463410 -0.897460 H 0.303080 1.426060 0.103770 H 0.338420 1.050680 -1.460480 C 2.488753 -0.593400 -1.198448 H 2.416500 0.557400 0.532050 H 4.614100 1.081980 -0.670550 H 4.699850 3.794460 -1.373720 H 4.722890 2.844690 -2.894180 H 7.687400 1.448620 -0.860340 H 2.029201 -1.457008 -0.719999 H 2.170233 -0.542411 -2.238576 H 3.572730 -0.688405 -1.154998 |
Aplikacija nema mogućnost širenja na više čvorova te je obavezno korištenje paralelne okoline mpisingle.
Modul xtb/6.4.1. doprema u okolinu xtb verziju 6.4.1 i CREST 2.11.1.
Primjer skripte za pokretanje posla s testnom datotekom struc.xyz u p28-mpisingle paralelnoj okolini dan je niže. Posao je pokrenut na jednom čvoru s 4 jezgre.
#!/bin/bash #$ -N xTB_job #$ -cwd #$ -pe p28-mpisingle 4 module load xtb/6.4.1 export OMP_STACKSIZE=1G export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1 export OMP_MAX_ACTIVE_LEVELS=1 xtb struc.xyz |
Aplikacija nema mogućnost širenja na više čvorova te je obavezno korištenje paralelne okoline mpisingle.
Za korištenje CREST-a u mpisingle paralelnoj okolini pripremljen je modul xtb/6.4.1. Naredba module load xtb/6.4.1 u Vašu okolinu doprema CREST v.2.11.1, no i xTB v.6.4.1 koji je nužan za provođenje izračuna.
Primjer skripte za pokretanje posla na testnoj datoteci struc.xyz (uz vodu kao odabrano otapalo) u p28-mpisingle paralelnoj okolini dan je niže. Posao je pokrenut na jednom čvoru s 4 jezgre.
O programu CREST i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.
#$ -N CREST_job #$ -cwd #$ -pe p28-mpisingle 4 module load xtb/6.4.1 export OMP_STACKSIZE=1G export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1 export OMP_MAX_ACTIVE_LEVELS=1 crest struc.xyz -gfn2 -g h2o -T $NSLOTS |
U slučaju da neki od dijelova zahtjeva više memorije, program je moguće pokrenuti na ScaleMP vSMP čvoru.
Za korištenje XTB paketa na ScaleMP vSMP čvoru pripremljen je poseban modul xtb/vsmp. Osim XTB programa kroz modul je moguće pokretati programe enso.py, crest i anmr.
primjer skripte za pokretanje posla:
#!/bin/bash #$ -N xtb_job #$ -cwd #$ -pe vsmp 2 #$ -j y module load xtb/vsmp # Setting stacksize to unlimited ulimit -s unlimited #Use RAM as scratch export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR" export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS) taskset -c $CORES xtb -P $NSLOTS struc.xyz |
Prije nego se pokrene posao koji koristi crest program, nužno je izvesti slijedeće naredbe u direktoriju u kojem će se pokrenuti skripta za posao:
module load xtb/vsmp set_crest_at puna_adresa_direktorija_u_kojem_ce_se_izvoditi_program_crest_i_enso |
Program set_crest_at
doprema program crest u zadani direktorij (npr. /home/korisnik/analiza), ako direktorij ne postoji program će ga sam napraviti i spremiti datoteke u njega. Osim programa crest dopremaju se i .ensorc
i flags.dat
datoteke koje su nužne za korištenje enso.py programa.
Ako se set_crest_at
ne zada adresa, program će dopremiti datoteke u direktorij u kojem je on pokrenut. Taj direktorij se automatski upisuje u .ensorc datoteku.
O programu crest i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.
#!/bin/bash #$ -N crest_job #$ -cwd #$ -pe vsmp 2 #$ -j y module load xtb/vsmp # Setting stacksize to unlimited ulimit -s unlimited #Use RAM as scratch export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR" export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS) taskset -c $CORES crest_run struc.xyz -T $NSLOTS -gfn2 -g chcl3 -nmr |
Dio koda -T $NSLOTS
nužan je kako bi se program pokretao na broju jezgara koji je tražen, a sve nakon njega su primjeri opcija samog programa.
Enso program ima određene zahtjeve kako bi se mogao uspješno izvršiti, a dva su postojanje datoteka .ensorc i flags.dat. Obje datoteke služe za podešavanje parametara i opcija programa enso. U programu .ensorc upisane su lokacije svih potprograma koje zahtjeva enso. Jedan od njih je i crest, a njegova lokacija je upisana pokretanjem programa set_crest_at
. Ako se skripta za izvođenje posla programa enso ne izvodi u direktoriju u kojem se nalazi crest i ako to nije isti direktorij upisan u .ensorc doći će do neuspješnog izvođenja posla!!!
Prije pokretanja pravog posla, savjetuje se pokretanje programa s opcijom --checkinput
kako bi se provjerili svi uvjeti za izvođenje programa
#!/bin/bash #$ -N enso_job #$ -cwd #$ -pe vsmp 2 #$ -j y module load xtb/vsmp # Setting stacksize to unlimited ulimit -s unlimited #Use RAM as scratch export TMPDIR="/ramfs/$TMPDIR" export CORES=$(numabind --offset $NSLOTS) taskset -c $CORES enso --checkinput |
Nakon uspješne provjere posao se pokreće tako da se umjesto --checkinput
upiše --run
opcija.
O programu enso i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.
Anmr program moguće je izvesti nakon uspješnog izvođenja programa crest (s uključenom opcijom -nmr), te uspješnog izvođenja programa enso.
Za razliku od xtb, crest i enso programa, anrm nije moguće izvesti na ScaleMP vSMP čvoru već se on pokreče na bilo kojem drugom čvoru.
#!/bin/bash #$ -N anmr_job #$ -cwd #$ -pe p28-mpisingle 2 #$ -j y module load xtb/vsmp ulimit -s unlimited export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS,1 anmr --mss 10 |
Savjetuje se zadržavanje parametra --mss 10
ili manje zbog mogućeg problema s količinom memorije.
O programu anmr i njegovim opcijama više na mrežnim stranicama.